不僅是三峽庫區(qū)魚類生態(tài)平衡遭受破壞，放眼整個長江流域，水生生物多樣性也正面臨嚴峻挑戰(zhàn)。曾幾何時，長江淡水生態(tài)系統(tǒng)在我國乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多樣性具有巨大的經(jīng)濟、社會、生態(tài)和科學(xué)價值，長江經(jīng)濟水產(chǎn)品一直是我國淡水漁業(yè)的支柱，漁業(yè)產(chǎn)量占全國的60%以上。但是，隨著長江經(jīng)濟帶的迅猛發(fā)展，不可避免導(dǎo)致了長江水生生物資源衰退、物種瀕?；蛳觥?
 

    魚類捕撈量逐年下降 

    據(jù)不完全統(tǒng)計，長江中有魚類17目52科178屬370種，其中，特有魚類42種，重要經(jīng)濟魚類36種。其他動物有白鰭豚、揚子鱷和大鯢等。在長江珍稀水生動物中，除鰣魚近年來未捕獲外，被列為國家一級或二級野生保護動物的中華鱘、白鱘、達氏鱘、白鰭豚、揚子鱷、江豚、胭脂魚、淞江鱸等均能生存繁衍，但種群數(shù)量呈逐年下降的趨勢。 

    受水域污染、過度捕撈和水利工程建設(shè)等因素的影響，長江瀕危物種增多，有20多種魚類被列入中國瀕危動物紅皮書；主要經(jīng)濟魚類趨于低齡化和小型化；魚類種群數(shù)量減少，一些重要經(jīng)濟魚類已經(jīng)不能形成實際產(chǎn)量。 

    捕撈產(chǎn)量的下降是長江漁業(yè)嚴重衰退的一個直觀反映。統(tǒng)計表明，上世紀70年代，長江每年魚類的捕撈量為20余萬噸，而最近幾年的捕撈量下降到10萬噸左右，不足最高年份的1/4。捕撈機械化程度和技術(shù)的提高，使得捕撈能力極大增強，而捕撈量反而下降，故長江魚類捕撈量的下降是反映長江漁業(yè)資源下降的最直接指標。長江主要經(jīng)濟水生物動物補充量急劇下降。長江“四大家魚”(青魚、草魚、鰱魚、鳙魚)，中華絨毛蟹和日本鰻等長江主導(dǎo)水生經(jīng)濟動物，苗種發(fā)生量急劇下降，已不能形成魚汛。“四大家魚”魚苗曾經(jīng)是水產(chǎn)養(yǎng)殖的惟一苗種來源，由1950年至1960年的300多億尾降為目前的不足10億尾，長江口的中華絨毛蟹和日本鰻已經(jīng)不能形成明顯的苗汛。 

　　水生生物種群數(shù)量不斷減少 

    同時，長江魚類群結(jié)構(gòu)顯著變化，多樣性喪失。據(jù)了解，長江“四大家魚”在漁獲物中的比例已從上世紀60年代中期的20%-30%下降到目前的5%左右。長江下游江段有70多種淡水經(jīng)濟魚類，近20年來，除河口區(qū)鳳鱭資源相對穩(wěn)定外，鱸魚、銀魚、鯔魚及一些貝類生物都已大幅度減產(chǎn)，而中華絨毛蟹、刀鱭資源明顯下降。長江下游漁獲中，小型魚、蝦、蟹類占漁獲物總量的50%左右，群落結(jié)構(gòu)小型化明顯。專家認為，魚類物種多樣性指數(shù)呈現(xiàn)出逐年減少的趨勢，表明物種多樣性正逐步喪失。
 

    此外，分布在長江流域的水生生物，由于過度利用和環(huán)境不斷惡化，其物種數(shù)量大幅度下降，許多原來數(shù)量比較大的物種已大幅度下降，有的物種已經(jīng)處于瀕危狀態(tài)，特別是水生動物的受威脅程度高。位列“長江三鮮”之首的長江鰣魚，上世紀60年代末至70年代末的10年間，年平均產(chǎn)量近50萬公斤，年產(chǎn)量最高可達160萬公斤，現(xiàn)在已基本絕跡。中華鱘、胭脂魚等已從重要的經(jīng)濟魚類淪為瀕危物種。根據(jù)《中國瀕危動物紅皮書》統(tǒng)計，分布于長江水系的水生動物中，受威脅魚類比例18.25%(69種)、兩棲類47.59%(69種)、爬行類32.53%(54種)，在全國內(nèi)陸水域受威脅比例最高。